Tras investigar un poco, el problema venía porque el maestro se había quedado pillado..., aunque se parasen los repositorios o el propio MDM, seguía dando el error.
Solución, desmontar el repositorio maestro,
volver a montarlo,
nos conectamos y lo normalizamos,
de esta forma nos permitirá volver a crear el repositorio esclavo
Cuando termine de crear el esclavo, tendremos que montarlo (cuidado con no utilizar puertos ocupados porque lo montará pero dará errores al arrancar) y ya está nuestro catalogo maestro tendrá creado su esclavo.